La Cisterna di Yerebatan, costruita dall'imperatore Giustiniano nel 532, è anche conosciuta come la Cisterna Basilica perché si trova sotto la Stoa Basilica. La cisterna è una struttura gigante che copre un'area rettangolare di 140 m di lunghezza e 70 m di larghezza. All'interno di questa cisterna ci sono 336 colonne, ciascuna alta 9 m, accessibili tramite una scala di pietra di 52 gradini. Queste colonne che si ergono nell'acqua ricordano una foresta infinita e impressionano il visitatore non appena entra nella cisterna.

La maggior parte delle colonne, che si ritiene siano state raccolte da strutture più antiche e scolpite da vari tipi di marmo e granito, sono per lo più composte da un unico pezzo, e alcune di esse sono composte da due pezzi sovrapposti. Le testate di queste colonne hanno caratteristiche diverse in alcuni punti. 98 di queste riflettono lo stile corinzio, mentre alcune riflettono lo stile dorico. Le pareti della cisterna sono state costruite in mattoni, spesse 4,80 m, e il pavimento lastricato di mattoni è stato intonacato con uno spesso strato di malta di Khorasan, rendendolo impermeabile. Questa cisterna, che ha una superficie totale di 9.800 m2, ha una capacità di stoccaggio d'acqua di circa 100.000 tonnellate.

L'acqua della cisterna, dove lavorarono 7.000 schiavi durante la sua costruzione, veniva portata dal centro di distribuzione dell'acqua di Eğrikapı nelle foreste di Belgrad, a 19 km dalla città, con l'aiuto dell'arco di Valens (Bozdoğan) lungo 971 m costruito dall'imperatore Valens nel 368 e dell'arco di Maglova lungo 115,45 m costruito dall'imperatore Giustiniano. La maggior parte delle colonne della cisterna sono cilindriche, tranne alcune che sono angolari o scanalate. Tra queste colonne, quella decorata con la ripetizione dell'Occhio di Pavone, del Ramo Pendente e della Lacrima in incisione e rilievo è particolarmente degna di nota.

Secondo una voce, le forme su di essa che sembrano lacrime raccontano delle centinaia di schiavi morti durante la costruzione della Grande Basilica. Dopo aver superato la metà della cisterna, la parte vista come una proiezione irregolare dalla parete sud-ovest verso l'interno, lunga circa 40 m e larga 30 m, sono le pareti costruite durante le riparazioni effettuate nei secoli passati per sostenere il peso. 40 colonne, 9 colonne nella parte più lunga e 2 colonne nella parte più stretta, non sono visibili perché si trovano dietro queste pareti. Le due teste di Medusa, utilizzate come basi sotto due colonne nell'angolo nord-ovest della cisterna, sono capolavori della scultura dell'età romana. Anche se non ci sono informazioni certe sull'edificio da cui queste teste del IV secolo sono state prese e portate qui, si pensa che siano state rimosse da una struttura antica appartenente all'età romana giovane e portate qui.

Molte voci basate sulla mitologia di Medusa rendono questa struttura ancora più misteriosa. Secondo una voce, Medusa è una delle tre Gorgoni, il mostro femminile dell'oltretomba nella mitologia greca. Di queste tre sorelle, solo la Medusa dalla testa di serpente è mortale. E ha il potere di trasformare in pietra chiunque la guardi. Si crede che i dipinti e le sculture delle teste di Gorgone fossero collocati per proteggere grandi strutture e luoghi speciali dal male nel primo periodo, e Medusa è stata collocata qui con questa idea.

Secondo un'altra voce, Medusa è una ragazza orgogliosa dei suoi occhi neri, dei suoi lunghi capelli e del suo bel corpo. Ama Perseo, il figlio del dio greco Zeus. La dea Atena ama Perseo ed è gelosa di Medusa. Atena trasforma i capelli di Medusa in terribili serpenti. Ora chiunque Medusa guardi si trasforma in pietra. Pensando che Medusa fosse affascinata, Perseo le decapita e prende la sua testa nelle guerre. Chi vede la testa si trasforma in pietra, e Perseo vince le battaglie.

Dopo questo evento, si dice che Medusa sia stata incisa sui manici delle spade e sulle colonne sul retro e sui lati. Secondo un'altra voce, Medusa si vide nella spada di Perseo e si trasformò in pietra. Per questo motivo, lo scultore qui ha realizzato Medusa in tre diverse posizioni come normale, inversa e laterale secondo le posizioni di riflessione della luce. La testa di Medusa, lavorata in posizione normale, è stata portata da Didim.

La Cisterna Basilica è stata utilizzata per un po' dopo la conquista di Istanbul da parte degli Ottomani nel 1453, e l'acqua veniva fornita ai giardini del Palazzo di Topkapı, dove vivevano i sultani. Si è capito che gli Ottomani, che preferivano l'acqua corrente invece dell'acqua stagnante, non la utilizzarono dopo aver stabilito le proprie strutture idriche in città, e la cisterna fu riscoperta dal viaggiatore olandese P. Gyllius, che venne a Istanbul nel 1544-1550 per studiare le rovine bizantine. La Cisterna Basilica ha subito varie riparazioni sin dalla sua costruzione. La prima riparazione della cisterna, che fu restaurata due volte durante il periodo dell'Impero Ottomano, fu costruita dall'architetto Mehmet Ağa di Kayseri nel XVIII secolo durante il regno di Ahmet III. La seconda grande riparazione nel XIX secolo fu durante il regno del sultano Abdülhamit II (1876-1909). Il Comune di Istanbul ha avviato la più grande riparazione nel periodo repubblicano nel 1985. Con la rimozione di 50.000 tonnellate di fango e la costruzione della piattaforma per le escursioni, è stata completata il 9 settembre 1987 e riaperta ai visitatori.

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